نقش دین در قانون اساسی، آینده سیاسی اقلیم کوردستان و سرنوشت مناطق مورد مناقشه، از جمله مشکلاتی هستند که کمیته بازنویسی قانون اساسی اقلیم کوردستان عراق برای نهایی کردن آن روبرو هستند.
از جمله این مشکلات می‌توان به نقش دین در تدوین قانون اساسی اشاره کرد که احزاب اسلامی حضور دین اسلام در قانون اساسی اقلیم کوردستان و نوشتن قوانین بر پایه آن را خواستارند. کمیته بازنویسی قانون اساسی اقلیم کردستان در ۲۸ ژوئن ۲۰۱۵ با اتحادیه علمای اسلام دیدار داشتند.
به گفته جعفر الکوانی (عضو اعضای اتحادیه) مذهب موضوعی بسیار مهم است زیرا همه جنبه‌های جامعه را در بر می‌گیرد و چون بیشتر مردم کوردستان عراق مسلمان هستند؛ این موضوع باید به صورت شفاف در قانون اساسی درج شود و در غیر اینصورت مردم را به اعتراض مدنی در این باره دعوت خواهد کرد.
در همین رابطه، عدنان عثمان عضو جنبش تغییر (گوران) می گوید: کمیته از همه طرف تحت فشارقرار گرفته وبا همه احزاب و جریان ها دیدار داشته است ولی در نهایت قانون اساسی باب میل همه نخواهد بود و نمیتواند نظر همه احزاب را در قانون اساسی بگنجاند
از دیگر نکات مهم در تدوین پیش‌نویس قانون اساسی اقلیم کوردستان، تعیین نوع سیستم حکمرانی در این اقلیم است. احزابی مانند جنبش تغییر و اتحادیه میهنی اصرار دارند سیستم حکمرانی اقلیم کوردستان از ریاستی به پارلمانی تغییر یابد و رئیس اقلیم کردستان با رأی نمایندگان پارلمان انتخاب شود و نه از طریق انتخابات که در مقابل مسعود بارزانی رئیس حزب دموکرات کوردستان مخالف سرسخت این موضوع است.
موضوع دیگری که وجود دارد میزان همسویی قانون اساسی اقلیم کوردستان با قانون اساسی عراق فدرال است. برخی معتقدند قانون اساسی اقلیم باید متفاوت باشد؛ مثلاً بتوان ایده استقلال را در آن جای داد.
در آخر موضوع مناطق مورد مناقشه است. اقلیم کوردستان و دولت فدرال بر سر مالکیت بر آن مناطق ازجمله شهر نفت‌خیز کرکوک اختلاف‌نظر دارند. بااینکه بحث‌هایی پیرامون آن صورت گرفته است اما هنوز معلوم نیست موضع مناطق مورد مناقشه خصوصاً شهر کرکوک است.
